MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS2

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015980	GAATT	2	10	175	184	40 %	40 %	20 %	0 %	347533685
2	NC_015980	A	6	6	199	204	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
3	NC_015980	TTA	2	6	207	212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
4	NC_015980	CAAC	2	8	238	245	50 %	0 %	0 %	50 %	347533685
5	NC_015980	CAAA	2	8	260	267	75 %	0 %	0 %	25 %	347533685
6	NC_015980	TATAAA	2	12	347	358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
7	NC_015980	CTG	2	6	382	387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533685
8	NC_015980	AT	3	6	410	415	50 %	50 %	0 %	0 %	347533685
9	NC_015980	AAGA	2	8	439	446	75 %	0 %	25 %	0 %	347533685
10	NC_015980	ACC	2	6	512	517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533685
11	NC_015980	TTA	2	6	529	534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
12	NC_015980	AT	3	6	623	628	50 %	50 %	0 %	0 %	347533685
13	NC_015980	A	6	6	698	703	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
14	NC_015980	GAAAA	2	10	754	763	80 %	0 %	20 %	0 %	347533685
15	NC_015980	AAT	2	6	773	778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
16	NC_015980	A	6	6	782	787	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
17	NC_015980	ATG	2	6	808	813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533685
18	NC_015980	AAG	2	6	846	851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533685
19	NC_015980	GTT	2	6	873	878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533685
20	NC_015980	AAAT	2	8	883	890	75 %	25 %	0 %	0 %	347533685
21	NC_015980	AAT	2	6	928	933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
22	NC_015980	A	8	8	944	951	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
23	NC_015980	ATA	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533686
24	NC_015980	AATA	2	8	1074	1081	75 %	25 %	0 %	0 %	347533686
25	NC_015980	A	6	6	1089	1094	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
26	NC_015980	TA	3	6	1168	1173	50 %	50 %	0 %	0 %	347533686
27	NC_015980	ACC	2	6	1182	1187	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533686
28	NC_015980	GAA	2	6	1228	1233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533686
29	NC_015980	A	7	7	1240	1246	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
30	NC_015980	GTT	2	6	2579	2584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533687
31	NC_015980	CT	4	8	2596	2603	0 %	50 %	0 %	50 %	347533687
32	NC_015980	CAA	2	6	2605	2610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533687
33	NC_015980	TGA	2	6	2756	2761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
34	NC_015980	GAC	2	6	2811	2816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533687
35	NC_015980	TGA	2	6	2837	2842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
36	NC_015980	T	7	7	2985	2991	0 %	100 %	0 %	0 %	347533687
37	NC_015980	ATT	2	6	3118	3123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533687
38	NC_015980	AATTT	2	10	3134	3143	40 %	60 %	0 %	0 %	347533687
39	NC_015980	T	6	6	3141	3146	0 %	100 %	0 %	0 %	347533687
40	NC_015980	TGC	2	6	3210	3215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533687
41	NC_015980	AAT	2	6	3238	3243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533687
42	NC_015980	TCT	2	6	3269	3274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533687
43	NC_015980	AATT	2	8	3288	3295	50 %	50 %	0 %	0 %	347533687
44	NC_015980	TCC	2	6	3346	3351	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	347533688
45	NC_015980	GTT	2	6	3377	3382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533688
46	NC_015980	TCT	2	6	3412	3417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533688
47	NC_015980	AGCG	2	8	3487	3494	25 %	0 %	50 %	25 %	347533688
48	NC_015980	T	6	6	3501	3506	0 %	100 %	0 %	0 %	347533688
49	NC_015980	CAA	2	6	5026	5031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
50	NC_015980	ATC	2	6	5033	5038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
51	NC_015980	TTG	2	6	5063	5068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
52	NC_015980	AAT	2	6	5155	5160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
53	NC_015980	CCA	2	6	5175	5180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533689
54	NC_015980	ATC	2	6	5192	5197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
55	NC_015980	CAA	2	6	5228	5233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
56	NC_015980	CAA	2	6	5344	5349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
57	NC_015980	TGG	2	6	5498	5503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533689
58	NC_015980	ATG	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533689
59	NC_015980	CAA	2	6	5567	5572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
60	NC_015980	TAAT	2	8	5617	5624	50 %	50 %	0 %	0 %	347533689
61	NC_015980	TAA	2	6	5677	5682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
62	NC_015980	A	6	6	5726	5731	100 %	0 %	0 %	0 %	347533689
63	NC_015980	TAGG	2	8	5771	5778	25 %	25 %	50 %	0 %	347533689
64	NC_015980	ATA	2	6	5831	5836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
65	NC_015980	ATC	2	6	5858	5863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
66	NC_015980	T	8	8	5919	5926	0 %	100 %	0 %	0 %	347533689
67	NC_015980	TTTAA	2	10	5934	5943	40 %	60 %	0 %	0 %	347533689
68	NC_015980	TTG	2	6	5996	6001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
69	NC_015980	CGA	2	6	6268	6273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
70	NC_015980	CCGAA	2	10	6303	6312	40 %	0 %	20 %	40 %	347533690
71	NC_015980	AAC	2	6	6324	6329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533690
72	NC_015980	TATTT	2	10	6351	6360	20 %	80 %	0 %	0 %	347533690
73	NC_015980	TAT	2	6	6432	6437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
74	NC_015980	ATTGCA	2	12	6475	6486	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533690
75	NC_015980	CTT	2	6	6507	6512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
76	NC_015980	ATT	2	6	6595	6600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
77	NC_015980	GA	3	6	6617	6622	50 %	0 %	50 %	0 %	347533690
78	NC_015980	GTA	2	6	6725	6730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533690
79	NC_015980	ATC	2	6	6732	6737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533690
80	NC_015980	ACTG	2	8	6756	6763	25 %	25 %	25 %	25 %	347533690
81	NC_015980	CGA	2	6	6767	6772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
82	NC_015980	A	7	7	6820	6826	100 %	0 %	0 %	0 %	347533690
83	NC_015980	GAT	2	6	6849	6854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533690
84	NC_015980	ACG	2	6	6859	6864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
85	NC_015980	TCT	2	6	7004	7009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
86	NC_015980	TGG	2	6	7013	7018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533690
87	NC_015980	CTT	2	6	7020	7025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
88	NC_015980	TGGCC	2	10	7047	7056	0 %	20 %	40 %	40 %	347533690
89	NC_015980	CAA	2	6	7057	7062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533690
90	NC_015980	ACC	2	6	7153	7158	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533690
91	NC_015980	CTG	2	6	7163	7168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533690
92	NC_015980	GGC	2	6	7201	7206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347533690
93	NC_015980	CTT	2	6	7239	7244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
94	NC_015980	TTC	2	6	7258	7263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
95	NC_015980	CAC	2	6	7265	7270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533690
96	NC_015980	ATTA	2	8	7308	7315	50 %	50 %	0 %	0 %	347533690
97	NC_015980	GCT	2	6	7474	7479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533690
98	NC_015980	TGCTGT	2	12	7532	7543	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	347533690
99	NC_015980	GCA	2	6	7625	7630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533691
100	NC_015980	CTG	2	6	7638	7643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533691
101	NC_015980	CCAA	2	8	7697	7704	50 %	0 %	0 %	50 %	347533691
102	NC_015980	TTG	2	6	7728	7733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
103	NC_015980	TTC	2	6	7878	7883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533691
104	NC_015980	ATC	2	6	7901	7906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
105	NC_015980	TGA	2	6	7915	7920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
106	NC_015980	AT	3	6	7921	7926	50 %	50 %	0 %	0 %	347533691
107	NC_015980	TCA	2	6	7928	7933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
108	NC_015980	GAA	2	6	7952	7957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533691
109	NC_015980	ATCA	2	8	7970	7977	50 %	25 %	0 %	25 %	347533691
110	NC_015980	ACA	2	6	8083	8088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533691
111	NC_015980	TGA	2	6	8140	8145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
112	NC_015980	ATC	2	6	8181	8186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
113	NC_015980	GTT	2	6	8199	8204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
114	NC_015980	GCG	2	6	8247	8252	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347533691
115	NC_015980	GAA	2	6	8282	8287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533691
116	NC_015980	TCG	2	6	8289	8294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533691
117	NC_015980	GAAA	2	8	8353	8360	75 %	0 %	25 %	0 %	347533691
118	NC_015980	GAT	2	6	8420	8425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
119	NC_015980	CAAT	2	8	8481	8488	50 %	25 %	0 %	25 %	347533691
120	NC_015980	TGA	2	6	8554	8559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
121	NC_015980	GAT	2	6	8569	8574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
122	NC_015980	TTA	2	6	8600	8605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533691
123	NC_015980	CCAG	2	8	8611	8618	25 %	0 %	25 %	50 %	347533691
124	NC_015980	TCAG	2	8	8632	8639	25 %	25 %	25 %	25 %	347533691
125	NC_015980	TTG	2	6	8658	8663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
126	NC_015980	TGG	2	6	8679	8684	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533691
127	NC_015980	A	6	6	8779	8784	100 %	0 %	0 %	0 %	347533691
128	NC_015980	ACG	2	6	8836	8841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533691
129	NC_015980	CAA	2	6	8887	8892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533691
130	NC_015980	AATC	2	8	8939	8946	50 %	25 %	0 %	25 %	347533691
131	NC_015980	GTT	2	6	9023	9028	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
132	NC_015980	ACTAAT	2	12	9035	9046	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533691
133	NC_015980	GGT	2	6	9086	9091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533691
134	NC_015980	TTG	3	9	9096	9104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
135	NC_015980	TCT	2	6	9124	9129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533691
136	NC_015980	ATT	2	6	9328	9333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533691
137	NC_015980	TAA	2	6	9770	9775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533692
138	NC_015980	TAAT	2	8	9858	9865	50 %	50 %	0 %	0 %	347533692
139	NC_015980	TTG	2	6	10007	10012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533692
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141	NC_015980	TCAC	2	8	10128	10135	25 %	25 %	0 %	50 %	347533692
142	NC_015980	TTG	2	6	10259	10264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533692
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149	NC_015980	AT	3	6	11601	11606	50 %	50 %	0 %	0 %	347533693
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.